অনেক ঋতুতেই পেঁয়াজ ফলে, কিন্তু বর্ষাকালে ফলানো পেঁয়াজ নানা রকমের রোগে আক্রান্ত হওয়ার ঝুঁকিতে থাকে। পেঁয়াজে রোগ হলে এর পাতা ভেঙে যায় ও উৎপাদন কমে যায়। মাটি, বীজ অথবা রোগাক্রান্ত শস্যের মাধ্যমে পেঁয়াজে রোগ ছড়ায়।